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生物信息分析培训班——多样性&转录组&简化基因组

发布时间:2016-06-09


  

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美吉生信分析培训班开班啦!


本次培训共分五期,主题涉及多样性、转录组与简化基因组,同时为了满足老师们对生信分析的不同需求,5123五湖四海第一站针对多样性与转录组特分别开设了入门班与进阶班。美吉期待与您相约!


为保证培训效果,本次培训班每班30人,额满为止!



主办单位:上海5123五湖四海第一站医药科技有限公司

开课时间:2016年7月25-8月26号 

开课地点:5123五湖四海第一站上海总部:上海市浦东新区康新公路3399弄时代医创园3号楼


课程安排:

多样性入门班

日期

时间

课程

授课内容

7.25

08:30-11:30

Linux入门及基础操作

Linux介绍,常用命令使用、文本编辑器等

13:00-17:00

R语言基础及作图

R软件及R package安装,数据类型,基础语法,常用数据处理方法,常用绘图命令、绘图参数使用等

18:00

晚宴


7.26

08:30-11:30

微生物多样性研究概要

多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读

13:00-17:00

微生物多样性基础分析

常用分析软件及数据库介绍、序列质控、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等

7.27

08:30-11:30

微生物多样性标准分析

相关package安装,群落组成柱图,heatmap图,venn图分析等的实现

13:00-17:00

微生物多样性标准分析·续

宏基因组研究概要

相似度聚类树、PCA/PCoA分析及RDA/CCA分析等的实现

宏基因组研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

7.28

08:30-11:30

宏基因组分析

宏基因组分析流程和常用工具介绍


13:00-17:00

课程回顾、总结、答疑


适用于:

具备微生物多样性分析基本理论知识;

Linux系统或R语言零基础或薄弱基础;

注: 有一定编程经验更佳!


多样性进阶班

日期

时间

课程

授课内容

8.1

08:30-11:30

微生物多样性研究概要

多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读

13:00-17:00

微生物多样性基础分析

常用分析软件及数据库介绍、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等的算法、原理和实现

18:00

晚宴


8.2

08:30-11:30

R语言数据处理与绘图

数据采集,数据清洗,常规数据运算,常用R包介绍(ggplot2等),常用统计函数等

13:00-17:00

R语言数据处理与绘图

数据采集,数据清洗,常规数据运算,常用R包介绍(ggplot2等),常用统计函数等

8.3

08:30-11:30

微生物多样性标准分析

群落组成分析(柱图,heatmap图),群落比较分析(venn图),相似度聚类树及组合heatmap图等的算法、原理、参数调整和结果优化

13:00-17:00

微生物多样性高级分析

排序分析(PCA/PCoA分析,NMDS分析及RDA/CCA分析),stamp分析,cytoscape分析等的算法、原理、参数调整和结果优化

8.4

08:30-11:30

宏基因组研究概要

包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

13:00-17:00

宏基因组分析


宏基因组分析流程和常用工具介绍


8.5

08:30-11:30

宏转录组研究概要

包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

13:00-17:00

宏转录组分析思路;

课程回顾、总结、答疑

宏转录组分析思路和常用工具介绍

适用于:

具备微生物多样性分析基本理论知识;

熟练使用Linux系统进行日常操作(查看,编辑,复制,删除,压缩,执行软件等);

会使用R语言进行简单数据分析(了解数据类型,基础语法,文件读写,简单绘图命令等);

有一定编程经验(了解数据类型,变量,表达式,循环,选择等)。


简化基因组

开课时间:8.22开始(具体待定)



课程安排:内容暂时待定



说明:以上课程内容可能会有微调,具体课程信息以实际上课为准。

上机课程需学员自己携带笔记本电脑。



培训特色

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